1111
Erste urkundliche Erwähnung von Steinibach (Steinbachtal) und Bernhaupten (Thurner).

1115 – 1118
Bruno, Dompropst von Straßburg und Reichskanzler Heinrich V., stiftet das Kloster. Neben deutschsprachigen Augustinerchorherren kommen Chorherren aus Toul (Lothringen). Sie bringen die Skulptur einer Sitzmadonna mit, die der Neugründung den Namen gibt: Cella Sanctae Mariae. Im Laufe der Jahrhunderte wurde aus diesem Namen Mariazell, Sankt Marien, Sankt Merjen und schließlich der heutige Name St. Märgen.

1293
Verkauf der Vogtei über das Kloster Sankt Märgen von den Grafen von Hohenberg an Ritter Burkard Turner (Freiburg). Er lässt großflächig den Wald in den Spirzen roden. Es ensteht Land für Neuansiedlungen.

1319
Das Patriziergeschlecht der Schnewelin (Freiburg) ist im Besitz der Vogtei Sankt Märgen.

1320
Vertreibung der Chorherren durch den Vogt Johann Schnewelin.

1322
Rückkehr der Chorherren in ihr Kloster.

1324
Erwerb der Pfarreien Wyhl und Wöllingen am Kaiserstuhl.

1355/1401
Abt Konrad stirbt eines gewaltsamen Todes bei Ebnet. Abt Johannes II. Schlegel wird bei Merdingen ermordet.

1370
Union mit den Augustinerchorherren des Klosters Allerheiligen in Freiburg.

1462
Verkauf des Gründungsgutes – ausgenommen der Kirche – für 4.800 Gulden an die Stadt Freiburg.
Die Chorherren übersiedeln in das Allerheiligenkloster nach Freiburg. Nur ein Chorherr bleibt als Seelsorger in Sankt Märgen. 1474 wird das Gnadenbild nach Freiburg verbracht. Der Ort Sankt Märgen gehört hierdurch zur Stadt Freiburg.

1493
Wiederaufbau der 1430 zerstörten Kirche durch Abt Ehrhart Rotkopf.

1677
Durch den Holländischen Krieg werden Sankt Märgen und Freiburg bis 1699 französisch.

1683
Im Knobelwald, einer ehemaligen Herrschaft von Sankt Peter, wird eine Glashütte gegründet.

1699
Der Rückkauf des Maierhofs ist die ökonomische Grundlage für die Wiederherstellung des Klosters in Sankt Märgen.

1704
Im Zuge des Spanischen Erbfolgekrieges werden das Pfarrhaus, die Kirche und ein Drittel aller Häuser und Höfe in Sankt Märgen von französischen Soldaten zerstört.

1788
Das erste gemeindeeigene Schulhaus für das Dorf wird im Holzschlag errichtet.

1806
Im Zuge der Säkularisierung wird das Augustinerchorherrenstift Mariazell durch den Badischen Staat aufgelöst. Sankt Märgen wird in der Folge eine eigenständige Gemeinde.

1811
Aus den einstigen Vogteien des Klosters Sankt Peter, Hinterstraß und Glashütte, wird die selbstständige Gemeinde Hinterstraß.

1838
Neubau des Schulgebäudes in der Dorfmitte.

1841
Bau des Bürgerdiensthauses mit Dienstzimmer (Verwaltung), Spritzenremise und Arrestzelle.

1860
Beginn eines aufstrebenden Tourismus in der Gemeinde.

1896
Die Schwarzwälder Pferdezuchtgenossenschaft wird gegründet, Heimat des Schwarzwälder Kaltbluts (Sankt Märgener Fuchs).

1898
Großherzog Friedrich I. und Großherzogin Luise besuchen Sankt Märgen. Der Großherzog bewunderte besonders die schöne Lage des Ortes.

1907
Durch Blitzschlag brennen Wallfahrtskirche und westlicher Teil des Klostergebäudes nieder. Der Wiederaufbau beginnt unmittelbar danach.

1912
Erste regelmäßige Busverbindung von Sankt Märgen nach Kirchzarten, betrieben von der Motorwagengesellschaft Sankt Märgen.

1919
Elektrifizierung des Dorfkerns.

1936
Eingemeindung der Gemeinde Hinterstraß.

1941
Kriegsbedingte Abgabe aller Kirchenglocken; keine Zerstörung im 2. Weltkrieg.

1949
Erstes Roßfest in Sankt Märgen.

1962
Neubau der heutigen Schule.

1972
Gründung des Club Thurnerspur e. V.: die erste mit Mitgliedsbeiträgen angelegte und unterhaltene Loipe im Schwarzwald.

1995
Gründung eines Paulinerklosters im ehemaligen Pfarrhaus. 2011 wurde es geschlossen.

1995-1996
Bau der Schwarzwaldhalle als Ersatz für ein Festzelt.

2018
900-Jahr Feier mit einem über das ganze Jahr verteilten Programm